Fase conventuale
Papa Pio V della famiglia Ghisleri assegna l’area al convento di S.Caterina da Siena e dal 1574 l’insediamento delle strutture del convento, la cui progettazione era stata in un primo tempo affidata all’architetto Sallustio Peruzzi, trasforma radicalmente gli edifici antichi, stravolgendone l’organizzazione spaziale e le comunicazioni interne ed esterne.
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Infine, dopo la designazione di Roma a capitale d’Italia, nel 1885 il convento viene allontanato per far posto alla caserma “Goffredo Mameli”.
Nel frattempo, agli inizi del XIX secolo, durante l’occupazione napoleonica di Roma, furono progettati i primi scavi nell’area della Basilica Ulpia del Foro di Traiano, poi realizzati sotto papa Pio VII, e fu indagata anche l’estremità meridionale del Grande Emiciclo, riportando alla luce la via basolata che separava il complesso dei Mercati dal Foro di Traiano.